Issue de la transformation du Pôle universitaire de Djibouti, l’université de Djibouti est une université publiquecréée le 7 janvier 2006 par le décret gouvernemental n° 2007-0167/PR/MENESUP2,3.

L’université de Djibouti dépend depuis mai 2011 du ministère de l’Enseignement supérieur et de la recherche (MENSUR), créé lors du remaniement ministériel qui a suivi les élections présidentielles d’avril 2011.

Elle accueillait 2 500 étudiants en 2008, 5 030 en 2011 et un peu plus de 7 000 à la rentrée universitaire 2014.

L’actuel président de l’université est Djama Mohamed Hassan. Nommé le 29 novembre 2011 pour un mandat de trois ans, reconduit en 2014. Il a été précédé par Fahmi Ahmed Mohamed (nommé en septembre 2007) et Abdillahi Omar Bouh (nommé en septembre 2008).